Les champignons, dépourvus de chlorophylle, sont incapables d'utiliser l'énergie solaire. Pour se développer ils vont exploiter (comme nous le faisons nous-mêmes) l'énergie provenant de la dégradation de la matière organique élaborée par d'autres êtres vivants. Ils sont hétérotrophes vis-à-vis du carbone et trouvent leur "nourriture" selon 3 modalités différentes.

La nécrotrophie [ou saprophytisme] : Les champignons nécrotrophes (autrefois appelés saprophytes) se développent aux dépens de la matière organique en décomposition (litière, bois mort, excréments...). Ce mécanisme permet le recyclage des éléments à la surface de la planète.

Le biotrophie [ou parasitisme] : Les champignons biotrophes (ce terme est actuellement préféré à celui de "parasites") puisent leur matière organique dans un être vivant (animal, champignon ou végétal) et provoquent diverses maladies dont les mycoses humaines. De nombreuses plantes cultivées sont ainsi la proie de champignons microscopiques (oïdiums, fusariums, rouilles...).

La symbiose :
1er cas : les champignons s'associent avec un partenaire chlorophyllien macroscopique, Spermaphyte, Ptéridophyte ou Bryophyte : il y a symbiose mycorhizique.
2ème cas : Les champignons s'associent avec un partenaire chlorophyllien microscopique, Algue ou Cyanobactérie : il y a symbiose lichénique.