Le règne fongique comprend actuellement environ 70 000 espèces recensées (parmi lesquelles 13500 sont lichénisées et font l'objet d'une science autonome : la lichénologie). Mais les estimations actuelles, proposées par extrapolation, évaluent le nombre effectif de champignons, à la surface de la planète, à plus d'un million d'espèces.

Les organismes fongoïdes [ce terme non officiel rassemble artificiellement l'ensemble des organismes classiquement étudiés par les mycologues et donc considérés comme des "champignons" au sens strict, mais appartenant actuellement soit au règne fongique, soit à d'autres règnes] étudiés par les mycologues peuvent être répartis en 3 groupes d'origine phylogénétique diverses (seul le dernier groupe doit actuellement être conservé dans le règne fongique) :

1. les "Myxostelideae" :

Les "Myxostelideae" classiquement appelés Myxomycètes [autrefois de la division des Gymnomycota] : ils possédent un plasmode et assurent leur nutrition par phagocytose. Ils ne présentent pas les caractères énumérés précédemment et ne peuvent plus être considérés comme des champignons au sens strict (Certains sont classés dans les Protistes, d'autres ne peuvent que faire l'objet d'un règne autonome). Ils sont toutefois étudiés par tradition par les mycologues.

2. certains "Stramenopila" :
Le groupe monophylétique des "Stramenopila" contient les Oomycètes (comme les mildious), les diatomées, les algues brunes...
Les mycologues étudient depuis toujours les Oomycètes, ceux-ci présentent une reproduction sexuée au cours de laquelle sont élaborées des spores bi-flagellées. Leur thalle n'est pas cloisonné (thalle siphonné, thalle à structure coenocytique). La plupart de ces êtres sont de redoutables parasites de nos cultures (exemple : le mildiou de la vigne...).

3. les "Mycota" correspondent au règne fongique actuel au sens strict :
ayant une reproduction sexuée et produisant des spores non (ou uni) flagellées. Ce sont ces organismes qui constituent le règne fongique au sens strict et que nous classons en quatre grandes divisions :
- les Chytridiomycota produisant des spores mobiles uniflagellées,
- les Zygomycota à spores non flagellées et à thalle siphonné (Trichomycètes et Zygomycètes),
- les Ascomycota à spores non flagellées, à thalle septé et formant en général 8 ascospores à l'intérieur de chaque asque (l'asque étant le méiosporange, cellule fertile dans laquelle se déroule la caryogamie et le brassage génétique),
- les Basidiomycota à spores non flagellées, à thalle septé et donnant en général 4 basidiospores à l'extérieur de chaque baside (qui constitue ici le méiosporange).

Note : les Deuteromycota ou "Champignons imparfaits" [qui constituaient une division dans les schémas de classification antérieurs et regroupaient les formes dépourvues de reproduction sexuée (jamais d'asques ni de basides) mais se reproduisant uniquement par voie végétative] ne sont plus reconnus en tant que division autonome : on place ces formes asexuées dans les divisions auxquelles appartiennent leur phase sexuée (soit Asco- soit Basidiomycota). Si on ignore (pour le moment) à laquelle de ces divisions appartient leur forme sexuée, deux cas de figure se présentent :
1) soit les données biochimiques ou moléculaires permettent d'attribuer ces champignons imparfaits à l'un ou l'autre de ces groupes ;
2) soit on les conserve provisoirement dans un ensemble artificiel (sans valeur hiérarchique dans la systématique) dénommé "ensemble des champignons mitotiques".